Фамилия Хрюнов — редкий случай, когда основа прозвища лежит на поверхности, но её прямое значение почти наверняка обманчиво. Вопреки первому впечатлению, фамилия образована не от звукоподражательного «хрю» и не от слова «хрюшка». Такой корень в русских прозвищах действительно встречался, но почти всегда с уничижительным оттенком — для человека неряшливого или неопрятного. Однако у Хрюнова есть более вероятный и куда более древний источник.

Скорее всего, в основе лежит церковное имя Хрисанф (в просторечии Хрисан) или его уменьшительная форма Хрюня. Имя Хрисанф греческого происхождения и означает «златоцветный». В русской народной традиции сложные греческие имена часто сокращали до неузнаваемости: Хрисанф превращался в Хрисанку, Хрисанушку, а затем и в Хрюшу — точно так же, как Досифей становился Досей, а Евстафий — Остапом. Суффикс -ов указывает на принадлежность: Хрюнов буквально означает «сын Хрюни», то есть человека, которого в быту звали Хрюней.

Вторая версия, менее вероятная, но не исключённая — связь с диалектным словом «хрюн» или «хрюня». В некоторых говорах так называли вялого, медлительного человека или, наоборот, брюзгу. Однако эта версия слабее: прозвища от «хрю» чаще образовывались через суффикс -ин (Хрюшин), а не -ов, и встречаются они реже, чем производные от канонических имён.

Географически фамилия Хрюнов тяготеет к центральным и южным областям России, но нигде не образует плотных гнёзд. Это типичная «одиночная» фамилия, возникшая в одном конкретном роду, а не массово в каком-то регионе. В дворянских родословных книгах Хрюновы не значатся — это крестьянская или мещанская фамилия, что подтверждается простотой модели образования.

Таким образом, предки современных Хрюновых, скорее всего, вели происхождение от человека, которого в обиходе звали Хрюней — сокращением от крестильного имени Хрисанф. Фамилия не несёт отрицательной окраски, а лишь фиксирует ту форму имени, которая была привычна в повседневной речи несколько столетий назад.