Фамилия Хрюндиков — редкий случай, когда основа прозвища не лежит на поверхности, а заставляет задуматься о диалектной лексике или искажённом произношении. Вопреки первому впечатлению, связь с «хрюкать» и свиньёй возможна, но далеко не единственная и не самая вероятная.

Модель образования стандартна: основа «Хрюндик» плюс типичный русский суффикс принадлежности -ов. Фамилии на -ов чаще всего носили крестьяне и мещане центральной России, а сама форма указывает, что родоначальника звали Хрюндиком — либо по прозвищу, либо по уличному имени.

Самая правдоподобная версия отсылает к диалектному глаголу «хрюндеть» или «хрюндить». В некоторых говорах, особенно в рязанском и тамбовском регионах, это означало «ныть, капризничать, хныкать без причины». Хрюндиком могли прозвать ворчливого, вечно недовольного человека или, наоборот, ребёнка, который часто плакал. Такая модель словообразования (глагол + суффикс -ик) типична для прозвищ по характеру: ср. Ворчун — Ворчунов, Пискун — Пискунов, а Хрюндик — Хрюндиков.

Менее убедительна версия с «хрюкать». Если бы прозвище дали за хриплый, «свинячий» голос, скорее бы возникла форма Хрюк — Хрюков или Хрюкало — Хрюкалов. Суффикс -ик в основе «Хрюндик» нетипичен для прямого звукоподражания. Поэтому версия с «хрюндеть» надёжнее.

Совсем редкий вариант — искажение фамилии Хрундиков, где корень мог быть связан с южнорусским «хрун» (хрен, растение) или с польским chrzond (хрящ). Но это лишь гипотеза без твёрдых документальных подтверждений.

Фамилия почти не встречается в старых дворянских списках и родословных книгах. Её носители — скорее всего, крестьяне или однодворцы из южных и центральных губерний. В современных справочниках Хрюндиков — одна из редчайших русских фамилий, что делает её особенно ценной для генеалогического поиска: чем реже фамилия, тем легче отследить конкретные ветви рода.