Фамилия Хрюндиковая — редкий случай, когда в основе лежит не имя, не профессия и не географическое название, а звукоподражательное прозвище. Корень «хрю» напрямую отсылает к хрюканью свиньи. В русских говорах слово «хрюндить» или «хрюнделить» могло означать «ворчать», «ныть» или «тихо, недовольно бормотать» — то есть издавать звуки, похожие на хрюканье. Человека, который постоянно что-то бурчал себе под нос или был вечно недоволен, в деревне могли прозвать Хрюндя или Хрюндик.

Форма фамилии — притяжательное прилагательное с суффиксом -ов- (в женском роде -овая). Это указывает, что фамилия образована от мужского прозвища Хрюндик: «Хрюндиковая» буквально значит «жена или вдова Хрюндика». Такая модель типична для русских фамилий, которые закреплялись за женщинами в документах, когда муж был известен под прозвищем, а сама фамилия ещё не стала наследственной. Мужской вариант — Хрюндиков.

Версия о связи с диалектным словом «хрюнда» (плохая еда, баланда) также возможна, но менее вероятна: прозвища по характеру или привычке встречаются в основе фамилий гораздо чаще, чем прозвища по еде.

Географически фамилия Хрюндикова и её мужской аналог Хрюндиков тяготеют к южнорусским и центральным областям, особенно к Рязанской, Тамбовской и Воронежской губерниям — регионам, где свиноводство было распространённым занятием, а диалекты сохраняли экспрессивные звукоподражательные слова.

В отличие от более распространённых фамилий на -ов/-ев, эта фамилия осталась редкой. Она не попала в массовые списки дворянских или купеческих родов, а бытовала в крестьянской среде, где прозвище могло закрепиться за одной семьёй в конкретной деревне и не распространиться дальше. Сейчас носительниц фамилии Хрюндикова можно встретить преимущественно в тех же регионах, а также в городах, куда мигрировали сельские жители в XX веке.