Фамилия Хрюньков звучит необычно, но её происхождение гораздо прозрачнее, чем может показаться на первый взгляд. В основе лежит прозвище Хрюнь или Хрюн — уменьшительная форма от слова «хрюкать». В русских говорах так могли назвать человека, который издавал гортанные, похожие на хрюканье звуки: например, во сне, от смеха или в разговоре. Прозвище было не столько обидным, сколько характеризующим — метким, бытовым.

Суффикс -ов указывает на стандартную модель русских фамилий: Хрюньков буквально означает «сын Хрюня» или «из семьи Хрюня». По такой же схеме образованы фамилии от прозвищ, связанных с животными или звуками: Хрюкин, Хрюкалов, Хрюшкин. Однако Хрюньков — более редкий вариант, поскольку основа Хрюнь встречается реже, чем Хрюк или Хрюша.

Версия о связи с животным (поросёнком) напрашивается сама собой, но вряд ли она верна. На Руси прозвища по внешнему сходству с животными — Медведь, Волк, Заяц — были распространены, но «хрюнь» в этом ряду не встречается. Скорее всего, прозвище относилось к манере поведения или речи, а не к внешности.

Встречается фамилия преимущественно в центральных и южных регионах России, где было развито сельское хозяйство и бытовая прозвищная культура. В документах XIX века Хрюньковы могли быть крестьянами или мещанами — фамилия не указывает на дворянское происхождение. В современных справочниках она редкая, что делает её интересным объектом для локального генеалогического поиска.