Фамилия Хатункина образована от прозвища Хатунка. Оно имеет тюркские корни и восходит к слову hatun, на русский язык переводится как «госпожа, государыня», «женщина», «супруга хана». Таким образом, потомок человека, которого звали Хатунка, со временем получил фамилию Хатункина. Процесс формирования фамилий был достаточно длительным, поэтому окончательно говорить о точном месте и времени возникновения рода Хатункиных можно лишь на основании генеалогических исследований.