Фамилия Хатункин происходит от прозвища Хатунок, а то, в свою очередь, восходит к тюркскому слову hatun. В переводе это «госпожа», «государыня», «женщина» или «супруга хана». Слово широко бытовало в языках кочевых народов, и в русских землях оно закрепилось именно через тюркское посредничество.

Как именно прозвище Хатунок попало в крестьянскую или служилую среду — вопрос, на который нет однозначного ответа. В тюркских языках hatun могло обозначать не только знатную женщину, но и просто жену, хозяйку дома. Поэтому прозвище Хатунок вряд ли указывало на реальное родство с ханской семьёй. Скорее, так могли назвать человека, который служил при знатной даме, был её приближённым, либо отличался почтительным, «дамским» угодливым поведением. Иногда подобные прозвища давали иронично — рослому или властному мужчине, которого в шутку величали «госпожой».

Модель образования фамилии проста и типична для русского ономастикона. Прозвище Хатунок перешло в притяжательное прилагательное Хатункин — «сын Хатунка», «человек Хатунка». Суффикс -ин указывает на принадлежность к отцу или главе семьи, как в фамилиях Пушкин, Ильин, Сорокин. Такая схема в XVI–XVII веках была самой распространённой в центральных и северных русских землях, особенно среди крестьян и посадских людей.

Интересно, что фамилия сохранила уменьшительную форму основы. Полная форма — Хатун — в русской среде встречается реже, а вот Хатунок и производная от неё Хатункин прижились лучше. Это говорит о том, что прозвище было бытовым, неофициальным: в документах человека записывали по отцу, а в живом общении звали уменьшительно. Со временем именно эта ласкательная форма и закрепилась в качестве родового имени.

Отдельно стоит сказать о написании. Двойное «н» в фамилии — не ошибка и не позднейшее искажение. Оно возникло закономерно: основа Хатун- (от Хатунок) плюс суффикс -ин дают Хатункин. Если бы фамилия образовывалась напрямую от hatun, мы бы имели форму Хатунов или Хатунин, но русская огласовка через уменьшительное прозвище дала именно такой вариант.

Встречаемость фамилии невысокая, она не входит в число распространённых. Это типичная «семейная» фамилия, которая почти не выходила за пределы одного-двух регионов. Судя по модели образования, носители Хатункиных — потомки простых людей, а не аристократии: дворянские роды с такой фамилией в исторических источниках не зафиксированы. Происхождение от тюркского слова не делает фамилию редкой или экзотической — таких заимствованных прозвищ в русском языке сотни, и каждое прошло свой путь от кочевой степи до деревенской околицы.