Фамилия Хатунская — редкий случай, когда географическая основа почти наверняка перевешивает прозвищную. Судя по суффиксу -ск-, это типичная «дворянская» или «географическая» модель: так образовывали фамилии от названий мест, которыми владели или откуда происходили. В отличие от массовых -ов/-ев, суффикс -ск- указывает на связь с конкретным топонимом.

Корень «Хатун» отсылает к тюркскому слову «хатун» — «госпожа», «жена правителя», «знатная женщина». В русских говорах слово прижилось в значении «барыня», «боярыня» (отсюда же фамилии Хатунцев, Хатунов). Но для фамилии на -ская первичен, скорее всего, топоним: село, деревня или урочище Хатунское (или Хатунь). Такие названия встречаются, например, в Подмосковье (село Хатунь, известное с XIV века) и в ряде областей центральной России. Владелец такого села или выходец из него получал прозвание «Хатунский», которое затем закрепилось как фамилия.

Менее вероятная, но возможная версия — прозвище Хатун, данное человеку с властным или «барским» нравом, либо слуге при знатной даме. Однако в такой модели фамилия скорее приняла бы форму Хатунов или Хатункин, а не Хатунская. Суффикс -ск- прочно связывает фамилию с местом, а не с личным прозвищем.

Сословно носители фамилии Хатунская могли относиться к мелкопоместному дворянству или к духовенству — эти группы чаще других использовали «географический» суффикс. Встречается фамилия и у крестьян, переселившихся из деревни Хатуни в другую губернию: их записывали по месту прежнего жительства. Однозначно сказать, кем были предки, без генеалогического поиска нельзя, но отправная точка — карта России с названиями, содержащими корень «хатун».