Фамилия Хатунева — женская форма мужской фамилии Хатунев, и её происхождение почти наверняка связано с географическим названием. Это так называемая «топонимическая» фамилия, образованная по модели, характерной для южных регионов России, Украины и Белоруссии: основа + суффикс -ев, указывающий на принадлежность к месту. В данном случае основой выступает слово «хатунь» или «хатун».

Корень «хатун» имеет несколько возможных значений, и выбор зависит от региона. Наиболее вероятная версия — тюркское происхождение. В тюркских языках «хатун» (или «катун») означает «госпожа», «знатная женщина», «жена хана». Это слово было широко распространено в Золотой Орде и позднее в Крымском ханстве, а также в османской традиции. Однако для русской фамилии такая прямая связь с титулом маловероятна: вряд ли предка называли «госпожой». Скорее, «хатун» здесь — это не имя, а гидроним или ойконим: название речки, ручья, оврага или населённого пункта.

Действительно, на карте России и Украины можно найти несколько топонимов с корнем «Хатун»: река Хатунь в бассейне Дона, село Хатунь (или Хатуни) в Брянской области, а также урочища. Житель такой местности получал прозвище «Хатунь» или «Хатун», а его потомки — фамилию Хатуневы. Суффикс -ев, а не более привычный для центральной России -ов, указывает на южнорусское или украинское влияние: в этих говорах после мягких и шипящих согласных часто писали -ев (сравните: Григорьев, но Иванов).

Менее распространённая, но допустимая версия — связь с диалектным словом «хатун» в значении «болтун», «пустомеля» или «крикун». В некоторых говорах так называли человека, который много и громко говорит. В этом случае фамилия образована от прозвища, данного по особенности характера. Однако топонимическая версия представляется более убедительной, так как фамилии от названий рек и сёл встречаются в разы чаще, чем от подобных прозвищ.

Фамилия Хатунева — редкая. Её носители, вероятно, происходят из южных областей России (Брянская, Курская, Ростовская области) или восточной Украины. Сословно предки могли быть как крестьянами, так и казаками, жившими вблизи реки Хатунь или в селе с похожим названием. Фамилия не указывает на дворянство или духовенство — это типичная крестьянская или казачья фамилия, закреплённая за местом жительства.