Фамилия Хатун стоит особняком в русском ономастиконе: она не имеет типичных славянских суффиксов -ов, -ин или -ский. Её основа восходит к тюркскому и монгольскому слову «хатун» (или «катун»), которое в Средневековье означало «госпожа», «жена правителя», «знатная женщина». В Золотой Орде и более поздних ханствах так называли супруг ханов. Перенос этого титула в фамилию — явление редкое и говорит о том, что предок носителя мог быть выходцем из тюркской или кавказской знати, либо же получить такое прозвище за властный или величественный нрав.

В русских документах фамилия Хатун встречается крайне редко и в основном фиксируется у народов, испытавших сильное тюркское влияние: у татар, башкир, кумыков, а также у армян и грузин, где «хатун» как женское имя или компонент имени (например, Хатуна) было распространено. В славянской среде фамилия могла появиться через браки или переселения, но её написание сохранилось без изменений, что указывает на относительно позднее оформление — не ранее XVIII–XIX веков, когда титул уже перестал быть актуальным и превратился в фамильное прозвище.

Отсутствие патронимического суффикса — ключевая особенность. В отличие от фамилий вроде Хатунов (где -ов указывает на «сын Хатуна»), форма Хатун сохраняет исходное слово в чистом виде. Это характерно для фамилий нерусского происхождения, которые не адаптировали под славянскую модель, а заимствовали целиком. По той же схеме образованы фамилии Бей, Султан, Паша — все они восходят к титулам, но Хатун среди них выделяется женским родом основы, что делает её уникальной: обычно мужские прозвища давались по мужским титулам, а здесь — по женскому, что может указывать на прозвище, данное женщине-предку.

Географически фамилия привязана к Поволжью, Северному Кавказу и Закавказью. Встречается также у крымских татар. В русских переписях XIX века единичные носители фиксировались в Астраханской и Ставропольской губерниях — регионах, где тюркские и кавказские народы жили бок о бок с русскими. Сословно предки могли быть как из служилой татарской аристократии (мурзы, князья), так и из крестьян, получивших прозвище по внешности или поведению — например, за гордую осанку.

Спорных версий происхождения немного. Некоторые исследователи допускают связь с арабским «хатын» (защитник), но это сомнительно: фонетически и исторически тюркский вариант убедительнее. Единичные случаи превращения женского имени в фамилию без изменений — это скорее исключение, чем правило, поэтому каждая такая фамилия требует отдельной генеалогической проверки.