Фамилия Хатунина — женская форма, а её мужской вариант — Хатунин. Основа здесь, на первый взгляд, прозрачна: «хатун». Но сразу оговоримся: прямое тюркское значение «хатун» — «госпожа», «жена хана» — вряд ли легло в основу крестьянской или мещанской фамилии. Скорее всего, это прозвище или мирское имя, образованное от тюркского же «катын» (женщина, жена), но в ироничном или бытовом ключе. В русских говорах, особенно на юге и в Поволжье, где контакт с тюркскими языками был плотным, «хатуня» могло означать «хозяйка», «баба» или даже «неряха» (сравните с диалектным «хатуль» — неопрятная женщина). Мужчину могли прозвать Хатуней за женоподобные черты характера или, наоборот, за чрезмерную заботу о доме — в таком случае прозвище было описательным, а не оскорбительным.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Хатунин — сын Хатуни. Модель типична для русских фамилий, образованных от прозвищ на -а/-я. Фамилия редкая и географически привязана к регионам, где исторически жили тюркоязычные народы вперемешку с русскими: например, к бывшим территориям Казанского и Астраханского ханств, к Башкирии. Встречается она и в центральных областях, но как единичные вкрапления.

Есть и более прозаичная версия: «хатун» в некоторых русских говорах означало «изба», «жильё». Тогда Хатуня — человек, связанный с постройкой или содержанием домов, возможно, плотник или сторож. Но эта гипотеза менее подкреплена, так как в письменных источниках «хатун» в значении «дом» фиксируется редко и локально.

С точки зрения социальной истории, фамилия Хатунина — скорее всего, поздняя (XVII–XIX века), когда прозвища активно превращались в наследственные фамилии у непривилегированных сословий. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано: это фамилия крестьян, мещан, казаков. Ономастические словари (например, работы Б. Унбегауна) относят подобные образования к пласту тюркских заимствований, адаптированных русским суффиксом. Так что Хатунины — потомки людей, которых в своём кругу называли по характерной черте или бытовой роли, и это имя закрепилось за родом.