Фамилия Хедер — редкий случай в русском ономастиконе, и её происхождение почти наверняка не связано со славянскими корнями. В русской среде фамилии с таким финалом не образуются: суффикс -ер не характерен для восточнославянского словообразования, где типичны -ов, -ев, -ин, -ский. Поэтому первое, на что обращаешь внимание, — это иноязычная основа.

Скорее всего, перед нами фамилия немецкого или еврейского (ашкеназского) происхождения. В немецком языке «Heder» может восходить к средневерхненемецкому «hede» — «пакля», «очески льна». Прозвище Heder могли дать тому, кто обрабатывал лен или торговал паклей. Другая немецкая версия — от «Hederich» (дикая редька, сорняк), но такое прозвище менее правдоподобно для фамилии.

В еврейской традиции фамилия Хедер (или Хейдер) часто связана с местечком Хедер (Гедере) на территории современного Израиля, но это скорее поздний топонимический вариант. Более вероятно, что у еврейских носителей фамилия образована от идишского «хедер» — «комната», «школа» (начальная религиозная школа для мальчиков). В таком случае предок мог быть учителем или содержателем хедера.

В России и на постсоветском пространстве фамилия Хедер встречается крайне редко, в основном у потомков немецких колонистов или еврейских семей, переселившихся в черту оседлости. Встречается также вариант написания «Хейдер» — он ближе к немецкому произношению.

Таким образом, носитель фамилии Хедер почти наверняка имеет либо немецкие (ремесленные, льняные промыслы), либо еврейские (религиозно-образовательные) корни. Точная версия зависит от семейного предания и региона, откуда происходят предки.