Фамилия Хенерин — редкая, и её происхождение не лежит на поверхности. Скорее всего, она искусственная или семинарская, то есть образована не от бытового прозвища или профессии, а от переиначенного слова, часто греческого или латинского, которое давали будущим священникам в духовных училищах. В основе могло лежать греческое «хенерон» (χενερόν) — «бедный, убогий» или «нищий». Такие фамилии давали с назидательным смыслом, напоминая о смирении и евангельской бедности. Суффикс -ин указывает на принадлежность: «сын бедного» или «из семьи бедняка».

Вторая версия, менее вероятная, связывает фамилию с немецкой или еврейской фамилией типа Хенер, Хенери (от имени Ханс или Йоханнес). Но в таком случае в русской записи ожидалось бы окончание -ов (Хенеров), а не -ин. Форма на -ин характерна для русских фамилий, образованных от слов женского рода или от основ на -а, -я. Если бы Хенерин был от немца Хенера, его сын стал бы Хенеровым. Значит, основа — не мужское имя, а слово или прозвище женского рода, например, «Хенера» — так могли в народе переделать какое-нибудь церковное понятие.

Встречаемость фамилии крайне низкая. В современных справочниках и телефонных базах она почти не фиксируется, что говорит либо о полном исчезновении рода, либо о его единичном бытовании в какой-то глухой местности. Скорее всего, носители Хенериных — потомки одного священника, получившего эту фамилию в семинарии в XIX веке. Никаких известных исторических личностей с такой фамилией нет, и это нормально: искусственные фамилии часто оставались уделом одного поколения и не давали разветвлённых родов.