Фамилия Хенерина — редкий случай, когда основа не поддаётся однозначному истолкованию. На первый взгляд она похожа на притяжательное прилагательное с суффиксом -ин, который в русских фамилиях указывает на принадлежность: «чей?» — Хенерин, женская форма — Хенерина. Но что за слово или имя легло в основу, остаётся загадкой.

Самый очевидный путь — предположить, что в основе лежит прозвище или неканоническое имя Хенера, Хенеря. Такие имена могли образоваться от диалектного глагола «хенерить» — в некоторых говорах это значило «хитрить, лукавить, притворяться» (ср. «хеня» — плут, обманщик). Тогда Хенерина — буквально «дочь (или жена) хитреца». Версия правдоподобная, но не единственная.

Сложность в том, что корень «хен-» нетипичен для славянской лексики. Он может быть иноязычным. В немецком языке, например, есть фамилия Henner, а в идише — Хенер (от имени Хана или от слова «курица»). Если предки носителя фамилии жили на западе Российской империи, в зоне немецких колоний или еврейских местечек, фамилия могла быть переосмыслена на русской почве: немецкое Hennerin (женщина из рода Хеннеров) дало Хенерина. При этом суффикс -ин в русском языке «перетянул» на себя окончание, и фамилия стала звучать по-русски.

Географически фамилия Хенерина встречается крайне редко, в основном на юге России и в Поволжье — регионах, где исторически смешивались русские, украинские, немецкие и тюркские влияния. Это косвенно подтверждает версию о заимствовании. Определить сословную принадлежность предков по такой фамилии невозможно: она могла принадлежать и крестьянину, и мещанину, и отставному солдату.

Таким образом, у фамилии Хенерина два правдоподобных объяснения: либо она происходит от русского прозвища Хенеря (хитрец), либо является русифицированной формой немецкой фамилии Henner. Второй вариант кажется более вероятным из-за нетипичного корня, но окончательный выбор зависит от того, в какой именно местности жили первые носители.