Фамилия Хенкеева — редкий случай, когда географический и этнический след просматривается почти сразу, без долгих этимологических споров. Её основа, скорее всего, восходит к немецкой фамилии Хенке (Henke) — краткой форме имени Иоганн (Иоанн), распространённой в северной и центральной Германии. Русский суффикс -ев указывает на присоединение по модели «чей?»: Хенкеев — сын или потомок Хенке. Форма Хенкеева — женский вариант, образованный по той же логике, что и Иванова от Иванов.

Однако необычность в том, что в русской среде фамилия с таким корнем встречается крайне редко. Если отбросить версию о случайном единичном появлении, наиболее вероятный путь — через немецких колонистов, которые селились в Поволжье, Причерноморье и на Волыни в XVIII–XIX веках. Там фамилия Henke могла русифицироваться, получив типичный русский суффикс. В таком случае Хенкеевы — потомки переселенцев, чья фамилия со временем адаптировалась к местной грамматике.

Менее вероятна, но допустима версия о происхождении от тюркского или кавказского корня — например, от имени Хенк или Ханке. Но в тюркских языках нехарактерна фамильная модель на -ев, а в русском языке такое сочетание звуков для исконных фамилий нетипично. Поэтому немецкий след выглядит убедительнее, хотя без генеалогического исследования конкретной семьи утверждать наверняка нельзя.

Сама фамилия не входит в списки распространённых дворянских родов и не фиксируется в дореволюционных справочниках титулованных фамилий. Скорее всего, Хенкеевы — потомки крестьян или ремесленников, возможно, обрусевших немцев, которые сохранили память о предке по мужской линии. В современной России носителей фамилии немного, и встречается она преимущественно в регионах, где исторически были немецкие колонии.