Фамилия Хермайор — редкий случай в русском ономастиконе, и её происхождение почти наверняка не связано со славянскими корнями. Внешний облик фамилии (сочетание «хер», суффикс «-майор») сразу выдает нерусскую основу. Скорее всего, перед нами фамилия немецкого или еврейского (ашкеназского) происхождения, которая попала в русский язык через искажение при записи или переезде носителей в Российскую империю.

В основе лежит немецкое слово Herr (господин, хозяин) или его производные. В немецкой ономастике существует фамилия Hermeyer (Хермайер), где первая часть — Herr, а вторая — Meier (управляющий, арендатор, староста). При переносе на русскую почву конечное «-ер» могло перейти в «-ор» под влиянием произношения или из-за ошибки писаря. Таким образом, Хермайор — это русифицированная форма от Hermeyer, что означало «господин управляющий» или «хозяин-арендатор». Встречаются и варианты Хермайер, Хермайр, что подтверждает эту гипотезу.

Вторая версия, менее вероятная, — искусственное происхождение. В некоторых канцеляриях XVIII–XIX веков фамилии давали «по чину» или «по званию», соединяя части слов. Но слово «майор» здесь выглядит чужеродно: в русской среде фамилии от воинских званий (Майоров, Солдатов) образуются с суффиксом «-ов», а не слитно. Семантика «Хермайор» как «господин майор» тоже сомнительна: в немецком Herr Major было бы обращением, а не фамилией.

География фамилии сегодня — единичные случаи в России и странах бывшего СССР. В дореволюционных списках она почти не встречается, что говорит о её позднем появлении или малочисленности рода. Носители фамилии Хермайор, скорее всего, потомки немецких колонистов (приглашённых Екатериной II) или еврейских семей, переселившихся в черту оседлости, чья фамилия была записана на слух местным писарем. Поскольку фамилия не типична для дворянства (нет суффикса «-ский») и не крестьянская (нет «-ов»), её носители могли быть ремесленниками, мещанами или мелкими арендаторами.