Фамилия Химочкин образована от личного имени Химочка — так в народе ласково называли Ефимия. Имя Ефимий пришло из греческого языка и означает «благочестивый, благожелательный», поэтому в основе фамилии лежит пожелание доброго нрава и благочестия предку. Уменьшительная форма Химочка возникла естественным путём: от полного имени Ефимий отсекли начало, а оставшуюся основу оформили ласкательным суффиксом -очк-. Подобные усечённые формы встречаются и в других русских фамилиях: от имени Евдокия пошли Дуня, Дуняша, от Ефима — Фима, Хима. Суффикс -ин в фамилии указывает на принадлежность: Химочкин буквально значит «сын Химочки», то есть потомок человека, которого звали Химочкой.

Существует и вторая версия происхождения, хотя она менее правдоподобна. В русских говорах бытовал глагол «химать» в значении «хныкать, плакать». Если следовать этой гипотезе, прозвище Химочка могли дать капризному или плаксивому ребёнку. Однако для прозвищ с суффиксом -очк- более типично образование от имён, а не от глаголов: такую модель редко используют для характеристики поведения. К тому же имя Ефимий было широко распространено среди крестьян и духовенства, поэтому вероятность того, что Химочка — это именно сокращение от Ефимия, значительно выше. Версию с «химать» стоит рассматривать лишь как редкое исключение, если в роду сохранилось предание о плаксивом предке.

Фамилия Химочкин закрепилась в центральных и южных регионах России, где имя Ефимий встречалось особенно часто. В документах XIX века такие фамилии фиксировали у крестьян и мещан, причём написание могло колебаться: встречаются варианты Химочков и Химочкин, но форма с суффиксом -ин более характерна для имён, оканчивающихся на -а, как Химочка. Потомок человека по имени Химочка или Ефимий со временем получал фамилию Химочкин, и она передавалась из поколения в поколение, сохраняя память о том, что предок носил благочестивое имя с добрым значением.