Фамилия Хиновкер — редкий случай, когда географическое происхождение почти наверняка перевешивает любые другие гипотезы. Её основа — топоним Хинов (или Хинова), и указывает она на выходца из этого места. Суффикс -кер в русских фамилиях нетипичен, но он характерен для ашкеназских еврейских фамилий, образованных от названий населённых пунктов. В идише суффикс -ker означает «житель такого-то места» (аналог русского -ский или немецкого -er). Поэтому Хиновкер — это «человек из Хинова».

Где находился этот Хинов? Скорее всего, речь о местечке Хинув (Chynów) в Мазовецком воеводстве Польши, к югу от Варшавы. В документах XIX века это поселение фигурирует и как Хинов. Именно из таких небольших городов и местечек бывшей Речи Посполитой вышло большинство носителей этой фамилии. Вторая, менее вероятная версия, связывает фамилию с селом Хиновка на Украине, но тогда ожидался бы суффикс -ский или -ов, а не -кер.

Исходное прозвище или имя, таким образом, здесь ни при чём. Фамилия не восходит к личному имени или ремеслу — она чисто топонимическая. Это значит, что первый носитель фамилии, скорее всего, был человеком, который покинул родной Хинув и поселился в другом месте, где его и прозвали по месту прежнего жительства.

В России и странах бывшего СССР фамилия встречается редко и почти всегда указывает на еврейское происхождение предков. Варианты написания — Хиновкер, Хиновкер, Хиновкер — могли возникать из-за ошибок писарей при записи в метрических книгах или паспортах, но все они восходят к одному и тому же географическому корню.