Фамилия Хинцене — редкий случай, когда географический корень почти наверняка перевешивает антропонимический. В русском языке нет ни слова «хинц», ни имени Хинц, которые могли бы лечь в основу фамилии с таким окончанием. Скорее всего, перед нами фамилия, возникшая на стыке двух языковых традиций: немецкой и, предположительно, латышской или эстонской.

Основа «Хинц» — это краткая форма немецкого имени Генрих (Heinrich), распространённая в северной Германии и Прибалтике. Немецкое Hinz или Hintz — такое же уменьшительное, как, скажем, Fritz от Friedrich. Однако окончание «-ене» для немецких фамилий совершенно нехарактерно. Зато оно типично для латышских фамилий женского рода (суффикс -ene, указывающий на происхождение или принадлежность) и для некоторых эстонских. Получается, что исходная форма — Хинц — могла быть прозвищем или фамилией отца-немца, а в латышской или эстонской среде её переоформили по местной модели, добавив окончание, которое обозначало «дочь» или «жену» человека по имени Хинц.

Таким образом, носитель фамилии Хинцене — скорее всего, потомок по женской линии немца по имени Генрих, обрусевшего в Прибалтике. Социально это могли быть остзейские немцы, ремесленники или крестьяне, попавшие в русское подданство после присоединения Прибалтики. Фамилия очень редкая, и её написание застыло в той форме, в какой её записали в метрические книги в XIX веке — с латышским суффиксом, но в русской кириллице.