Фамилия Хлысков — из числа тех, что образованы от прозвища, а не от крестильного имени. В её основе лежит слово «хлыск» — так в русских говорах называли удар, щелчок, хлесткий звук. Прозвище Хлыск могли дать человеку с резким, порывистым характером, либо тому, кто работал с хлыстом — кнутом или прутом, например, пастуху или вознице. Суффикс -ов указывает на типичную модель русской фамилии: «чей?» — «Хлысков» — «сын Хлыска» или «из семьи Хлыска».

Слово «хлыск» родственно глаголу «хлыстать» (стегать, бить) и существительному «хлыст». В ономастике это редкая основа: фамилии Хлыстов, Хлыстун, Хлыстиков встречаются чаще, а вариант с суффиксом -ск- (Хлысков) — более локальный. Возможно, в отдельных диалектах «хлыск» означал не только удар, но и тонкую ветку, прут, что сближает прозвище с ремеслом корзинщика или плетельщика. Географически фамилия тяготеет к центральным и южным областям России, где говоры сохранили эту лексику.

Есть и другая, менее очевидная версия: в некоторых регионах «хлыск» — искажённое «хлыщ» (хлыщ, щёголь). Но она слабая, так как фонетический переход «щ» в «ск» нехарактерен для русских фамилий. Правдоподобнее, что основа — именно звукоподражательное «хлысь!», имитирующее резкий звук, а прозвище закрепилось за человеком с быстрыми, отрывистыми движениями.

Фамилия Хлысков не относится к числу дворянских или именитых: её носители, скорее всего, были крестьянами или посадскими людьми. В документах XIX века она встречается в основном в Курской, Воронежской и Тамбовской губерниях. Сегодня это редкая фамилия, и её обладатели могут быть уверены: предок получил прозвище за живой, деятельный нрав или за работу, связанную с кнутом и хворостом.