Фамилия Хлюкин — редкий случай, когда прозвище, лёгшее в основу, почти наверняка звучало обиднее, чем сама фамилия сейчас. В её основе лежит диалектный глагол «хлюкать» или «хлюпать». В разных говорах это означало либо «чавкать, издавать хлюпающие звуки» (например, при ходьбе по грязи), либо «плакать, хныкать», либо «пить, сильно втягивая жидкость». Человек, получивший прозвище Хлюка, мог быть неряшливым, плаксивым или просто неаккуратным в еде — в любом случае, прозвище было нелестным и цепким.

Словообразовательная модель здесь стандартная для русских фамилий: суффикс -ин указывает на принадлежность («чей?» — сын Хлюки). Такая модель типична для прозвищ, оканчивающихся на -а/-я: Хлюка → Хлюкин. Если бы прозвище звучало как Хлюк (без окончания), фамилия была бы Хлюков, но этого не произошло. Суффикс -ин в данном случае не говорит о дворянском происхождении — это самая массовая модель для крестьянских и мещанских фамилий центральной России.

Географически фамилия Хлюкин встречается нечасто, но прослеживается в нескольких областях: есть её носители в бывшей Вятской губернии, в костромских и нижегородских краях. Вятка вообще богата на «звукоподражательные» прозвища — там ценили меткое народное слово. Интересно, что фамилия могла возникнуть и в среде, где «хлюкать» означало «сосать, тянуть жидкость» — возможно, предок был любителем выпить или работал с жидкостями (бондарь, солевар).

Встречается и версия, связывающая фамилию с диалектным словом «хлюк» — так в некоторых говорах называли клюкву. Тогда Хлюкин мог означать «сборщик клюквы» или «тот, кто живёт на болоте, где растёт клюква». Но эта версия слабее: переход «клюква → хлюк» не зафиксирован широко, а прозвища от названий ягод в русской антропонимии редки. Гораздо вероятнее, что фамилия — это память о живом, нелитературном слове, которое описывало манеру поведения.

Сравнение с однокоренными фамилиями — Хлюпин, Хлюстов — показывает, что все они образованы от глаголов со значением «чавкать, шлёпать, хныкать». Это целое гнездо «звукоподражательных» фамилий, которые в XIX веке не считались благозвучными, но сегодня воспринимаются просто как фамилии.