Фамилия Хлюпкин происходит от прозвища Хлюпка, и её корень — звукоподражательное «хлюп». В русских говорах глагол «хлюпать» означает издавать характерный чавкающий, влажный звук, идти по грязи или воде, а также пить или есть с таким звуком. Соответственно, Хлюпкой в народе могли назвать человека, который ходит по слякоти, неловко ступает, шлёпает по лужам, или же того, кто неаккуратно, громко хлебает за едой. Прозвище давалось по заметной внешней или бытовой особенности поведения.

Словообразовательная модель типична для русских фамилий: к основе Хлюпк- прибавлен суффикс -ин, указывающий на принадлежность. Буквально Хлюпкин — «сын Хлюпки», «из семьи Хлюпки». Такая модель (суффикс -ин) характерна для фамилий, образованных от слов женского рода или от прозвищ с окончанием -а/-я. В данном случае прозвище Хлюпка стоит в той же грамматической форме.

Менее вероятна, но возможна версия, что Хлюпкин — это «фонетический» вариант фамилии, связанной с названием рыбы «хлюпа» или «хлюпка». В некоторых диалектах так называли мелкую рыбёшку, например, пескаря или уклейку. Тогда прозвище могло достаться рыбаку или человеку невысокого роста, «мелкого», как рыбка. Однако эта версия уступает первой по распространённости: звукоподражательные прозвища в русской ономастике встречаются чаще, чем ихтиологические.

Фамилия Хлюпкин не относится к числу дворянских или широко распространённых. Она редкая, и её носители в основном встречаются в центральных и северных областях России, где слово «хлюпать» активно бытовало в диалектах. Встречаются также однокоренные фамилии Хлюпин, Хлюстов, Хлюпа, образованные от того же корня, но с другими суффиксами. Таким образом, предки современных Хлюпкиных — скорее всего, крестьяне или посадские люди, получившие прозвище за манеру ходить или есть, и это прозвище закрепилось за родом в качестве фамильного имени.