Фамилия Хлюпкина — женская форма фамилии Хлюпкин, и её происхождение напрямую связано с прозвищем Хлюпка. Это прозвище, скорее всего, носило ярко выраженный диалектный или звукоподражательный характер. В русских говорах слово «хлюпать» означало «чавкать» при ходьбе по грязи, «шлепать» по воде или издавать звуки при еде. Соответственно, Хлюпкой могли прозвать человека неопрятного, медлительного или того, кто громко ел и прихлебывал.

Суффикс -к- в основе прозвища типичен для русской обиходной речи: он придаёт слову оттенок фамильярности или уменьшительности. Такая модель характерна для прозвищ, данных в быту — не официально, а «по двору» или «по улице». Затем к основе Хлюпк- добавился патронимический суффикс -ин, указывающий на принадлежность: «сын Хлюпки» или «дочь Хлюпки». В крестьянской среде фамилии на -ин часто образовывались именно от прозвищ на -а/-я, что отличает их от фамилий на -ов/-ев, которые чаще шли от полных мужских имён.

Географически фамилия Хлюпкин (и Хлюпкина) тяготеет к северным и центральным областям России. Встречается она нечасто, что косвенно подтверждает её прозвищное, а не имени-крестильное происхождение: если бы в основе лежало редкое календарное имя, фамилия имела бы больше шансов распространиться. Скорее всего, предок носителя фамилии был заметен в своей деревне какой-то бытовой особенностью — либо походкой, либо манерой есть, либо нечистоплотностью, и это закрепилось за ним как прозвище, а затем перешло в фамилию.

В словаре русских фамилий Б. О. Унбегауна подобные образования описаны как типичные для «бытовых» прозвищ, часто звукоподражательных или характеризующих внешние привычки. При этом не следует искать в фамилии негативного подтекста: в крестьянском быту такие прозвища давались без злого умысла, по меткому наблюдению, и со временем утратили первоначальную окраску, став просто родовым именем.