Фамилия Хмдамов — редкий случай, когда основа слова не имеет очевидной славянской или тюркской этимологии, привычной уху на территории бывшей Российской империи. С первого взгляда бросается в глаза необычный консонантный строй: три согласных подряд (хмд) при отсутствии гласной в корне. Такая структура характерна для арабских и персидских заимствований, где корень обычно состоит из трёх согласных, несущих основное значение.

Наиболее вероятная версия: фамилия восходит к арабскому имени Хамдам (или Хамдама), которое образовано от корня «х-м-д», означающего «хвалить», «восхвалять». В исламской ономастике это имя связано с понятием «восхваляющий Бога». Форма Хмдамов — это русифицированный вариант, где к основе Хмдам- добавлен типичный русский суффикс -ов, указывающий на принадлежность («чей?» — Хмдамов, то есть потомок или человек из рода Хмдама). Ударение, вероятно, падает на последний слог: Хмда́мов.

Фамилия могла возникнуть в среде народов, традиционно исповедующих ислам, — например, у татар, башкир, азербайджанцев или народов Дагестана, где арабские имена переходили в фамилии через русское делопроизводство. В документах XIX — начала XX века, при переписях и паспортизации, такие имена часто записывали без огласовок, и «Хамдамов» мог превратиться в «Хмдамов» из-за небрежности писаря или особенностей произношения (в некоторых тюркских языках краткий гласный редуцируется).

Есть и более спорная версия: фамилия могла возникнуть от прозвища, данного по месту жительства или занятию, но она не находит надёжного подтверждения. Словарь Б. Унбегауна «Русские фамилии» не фиксирует эту фамилию в русском контексте, что подтверждает её иноязычное и позднее происхождение. Таким образом, Хмдамов — это, скорее всего, русифицированная форма арабо-мусульманского имени, указывающая на предка-носителя этого имени, и фамилия эта почти наверняка несёт в себе религиозный подтекст «восхваления».