Фамилия Хмыкина — женская форма, а мужская, Хмыкин, образована по стандартной модели русского языка: к основе прозвища или имени добавили притяжательный суффикс -ин. Суффикс указывает на принадлежность: Хмыкин буквально значит «чей?» — «сын Хмыки» или «человек из семьи Хмыки». Основа здесь — прозвище Хмыка, и именно в нём ключ к происхождению.

Слово «хмыка» в русских говорах имеет несколько значений, и все они связаны с характером или поведением человека. Самое прямое — от глагола «хмыкать», то есть издавать неопределённый звук, покашливать или фыркать, часто в знак сомнения, недовольства или насмешки. Так могли прозвать человека, который имел привычку хмыкать в разговоре, выражая скепсис. В ряде регионов «хмыка» означала ворчуна, брюзгу или неразговорчивого, угрюмого человека. Есть и более редкое, диалектное значение — «плут» или «хитрец», что тоже отсылает к манере поведения, а не к внешности.

Менее вероятная, но не исключённая версия — связь с диалектным словом «хмык», которое в некоторых областях обозначало зайца. В этом случае прозвище могло достаться человеку за трусливость, пугливость или, наоборот, за быстроту и ловкость. Однако основная масса носителей фамилии, судя по географии, сосредоточена в центральных и южных регионах России, где «хмыка» в значении «ворчун» или «насмешник» встречается чаще, чем зоологическое прозвище.

Сословной привязки у фамилии нет. Хмыкины встречались и среди крестьян, и среди мещан — прозвище давали по личным качествам, а не по роду занятий. В документах XVII–XVIII веков фамилия фиксируется в разных уездах, что говорит о её самостоятельном возникновении в нескольких местах, а не о едином родовом гнезде. В современной России фамилия нередкая, но не массовая; её носители живут преимущественно в европейской части страны.