Фамилия Хнеев — редкая и неочевидная с точки зрения происхождения. На первый взгляд она кажется искусственно образованной или заимствованной, но на самом деле у неё есть вполне прозрачная основа, которую можно восстановить через диалекты и старые прозвища.

Суффикс -ев указывает на патронимическую модель: Хнеев — «чей?» — сын Хнея. Значит, в основе лежит личное имя или прозвище Хней. Такого имени нет в святцах, и это не крестильное имя. Скорее всего, Хней — это вариант прозвища от слова «хныкать», то есть «плакать, ныть, жаловаться». В русских говорах «хня» или «хней» могли называть плаксивого, капризного человека, ребёнка, который постоянно хнычет. Таким образом, фамилия Хнеев происходит от прозвища Хней, которое дали человеку с соответствующим характером или поведением.

Вторая версия, менее вероятная, но имеющая право на существование, — связь с диалектным словом «хны» (множественное число) в значении «пустяки, ерунда, вздор». В этом случае прозвище Хней мог получить болтун или человек, который говорит не по делу. Однако первая версия (от «хныкать») встречается в ономастике чаще: фамилии Хныков, Хныкин, Хнырев известны в русских фамильных системах, и Хнеев стоит в том же ряду.

Географически фамилия встречается точечно, преимущественно в центральных и южных областях России, где сохранились старые говоры. Социальный контекст — крестьянская среда, где прозвища давались по ярким внешним или поведенческим признакам. Фамилия недворянская, без приставок и окончаний на -ский, что подтверждает её простонародное происхождение.

Особенность написания — редкое сочетание «хн» в начале слова, что может вызывать трудности при произношении, но именно это и делает фамилию узнаваемой. В дореволюционных записях могла писаться через «ѣ» (Хнѣевъ), но корень оставался тем же.