Фамилия Ханеев — это отчество, образованное от личного прозвища Ханей. Суффикс «-ев», а не «-ин», указывает на то, что основа прозвища оканчивалась на мягкий согласный или йот: Ханей, а не Ханя. Эта модель типична для русских фамилий, сформировавшихся в среде, где прозвища часто вытесняли крестильные имена в бытовом общении.

Смысл прозвища Ханей неочевиден, и здесь есть несколько версий. Наиболее вероятная связывает его с южнорусскими и украинскими говорами, где слово «ханька» обозначает арбуз. В таком случае прозвище Ханей мог получить человек, выращивавший бахчевые, торговавший ими или просто чем-то напоминавший окружающим эту ягоду — например, круглый и важный.

Вторая версия отталкивается от глагольных выражений, распространённых в тех же южных регионах. «Распустить ханьки» значило «много говорить», «болтать». Соответственно, Ханеем могли прозвать говорливого человека, пустослова. Близкий оборот «ханьки мять» имел значение «медлить», «ничего не делать», «тянуть время». Отсюда прозвище могло закрепиться за ленивым или нерасторопным человеком. Обе трактовки укладываются в одну семантическую гнездо: слово «ханьки» в народной речи ассоциировалось с праздной болтовней и бездельем.

Третья, менее вероятная гипотеза, возводит прозвище к тюркскому титулу «хан». Но против неё говорит форма: для тюркского заимствования естественнее было бы образование Ханов или Ханеев от имени Ханей, но в значении «принадлежащий хану», что для русского прозвища маловероятно. Скорее, созвучие здесь случайно, а корни фамилии чисто славянские, диалектные.

Итоговая картина такая: прозвище Ханей бытовало в южнорусской и малороссийской среде, где слово «ханьки» было в ходу. Потомок человека с таким прозвищем — болтуна, лентяя или же торговца арбузами — получал отчество Ханеев, которое со временем закрепилось как фамилия. География фамилии, вероятно, связана с регионами, где украинский и южнорусский языки соприкасались — Курская, Воронежская, Ростовская области, Кубань.