Фамилия Ханеев образована от прозвища Ханей. Скорее всего, оно связано с украинским словом «ханька» - «арбуз». Кроме того, в южных говорах Ханеем могли называть болтуна (от выражения «распустить ханьки» - «много говорить»), а также лентяя или медлительного человека («ханьки мять» означает «ничего не делать», «медлить с чем-то»). Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Ханей, со временем получил фамилию Ханеев.