Фамилия Ханеев образована от личного прозвища и относится к распространенному типу русских фамилий. Фамилия Ханеев образована от прозвища Ханей. Скорее всего, оно связано с украинским словом «ханька» - «арбуз». Кроме того, в южных говорах Ханеем могли называть болтуна (от выражения «распустить ханьки» - «много говорить»), а также лентяя или медлительного человека («ханьки мять» означает «ничего не делать», «медлить с чем-то»). Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Ханей, со временем получил фамилию Ханеев. О точном месте и времени возникновения фамилии Ханеев в настоящее время говорить сложно, поскольку процесс формирования фамилий был достаточно длительным. Тем не менее, фамилия Ханеев представляет собой замечательный памятник славянской письменности и культуры.