Фамилия Ханеева образована от прозвища Ханей. Скорее всего, оно связано с украинским словом «ханька» - «арбуз». Кроме того, в южных говорах Ханеем могли называть болтуна (от выражения «распустить ханьки» - «много говорить»), а также лентяя или медлительного человека («ханьки мять» означает «ничего не делать», «медлить с чем-то»). Таким образом, прозвище Ханей могло указывать на особенности внешноти предка. Вполне вероятно, что прозвище Ханей восходит к нарицательному «хан» - монарх, правитель, владетельное лиц в некоторых восточных странах. Именование Ханей в данном случае может выступать в качестве имени собственного – производной формы от имени Хан. Не менее вероятно, что в основу фамилии легло слово «хан» с переносным, ироничным значением – так в русской деревне могли прозвать влиятельного, зажиточного крестьянина. Вероятно и то, что прозвище Ханей (Ханя) образовано от аналогичной уменьшительной формы имен Харитон («благодатный, радостный») или Харлам («светящийся радостью»). В «Ономастиконе» А.Н. Веселовского указаны Ханя, холоп, 1539 г., Новгород; Ханя Никифоров, посадский человек, 1595 г., Псков. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Ханей, со временем получил фамилию Ханеева.