Фамилия Хнкоян — армянская, и её разумнее всего рассматривать в контексте армянской ономастики, нежели русской. В русский обиход она попала через паспортную систему СССР, где армянские фамилии записывали по законам русской орфографии, но без типичных русских суффиксов (-ов, -ин). Основа фамилии — «Хнко» (или «Хнка»), а формант «-ян» — это армянский патронимический суффикс, означающий «принадлежащий к роду», «потомок кого-то». Аналог русского «-ов»: Хнкоян — буквально «из рода Хнко».

Корень «Хнк-» — редкий и спорный. Самая вероятная версия: он восходит к армянскому «хунк» (հունկ) — «покой, отдых, успокоение», либо к «хнгэл» (հնգել) — «утомляться, изнемогать». В таком случае прозвище Хнко могли дать человеку спокойному, медлительному, либо, наоборот, тому, кто часто жаловался на усталость. В армянских говорах есть слово «хнкот» — «ленивый, вялый», что подкрепляет эту версию. Менее убедительна гипотеза о связи с тюркским «хунк» (хан, владыка) — для армянской среды это заимствование маловероятно в качестве личного имени.

Обратите внимание на суффикс «-о» в основе. В армянских фамилиях нередко встречается модель «основа на -о + ян»: Геворг — Геворкян, но есть и более редкие случаи вроде Хнкоян. Это указывает на то, что исходное прозвище или имя звучало как Хнко, а не Хнк. Вероятно, это ласкательная или уменьшительная форма от полного имени или прозвища, что типично для восточноармянских диалектов.

Географически фамилия Хнкоян распространена в Армении и в армянских диаспорах России, Грузии, Украины. Концентрация носителей заметна в областях Сюник и Гехаркуник, а также в Ереване. В дореволюционных записях фамилия почти не встречается — армянские фамилии массово фиксировались в метрических книгах лишь во второй половине XIX века. Сословная принадлежность предков могла быть любой: среди армян «-ян» носили и крестьяне, и ремесленники, и духовенство. Никакой дополнительной социальной окраски суффикс не даёт.

Из-за редкости корня и отсутствия широко известных носителей фамилия Хнкоян не обросла легендами и альтернативными толкованиями. Это типичный пример армянской фамилии от прозвища, которое описывало характер или состояние человека. Если искать аналоги в русском языке, то смысловой параллелью будет фамилия Усталов (от «усталый») или Смирнов (от «смирный»), но с поправкой на другую языковую модель.