Фамилия Хнытикова — женская форма фамилии Хнытиков, а та в свою очередь образована от прозвища или мирского имени Хнытик. В основе лежит глагол «хныкать» — плакать, ныть, капризничать. Такие прозвища на Руси давали не столько в насмешку, сколько по заметной черте характера: мог быть плаксивый ребенок, которого так и звали в быту, или взрослый человек с привычкой жаловаться. Но не спешите с выводами: в некоторых говорах «хныка» означало не нытика, а того, кто говорит тихо, невнятно, «хнычет» себе под нос.

Суффикс -ик в основе Хнытик указывает на уменьшительно-ласкательную или пренебрежительную форму, а затем фамильный суффикс -ов добавил значение принадлежности: «сын Хнытика». Модель типична для северных и центральных областей России, где такие отчества-фамилии на -ов закрепились в XVI–XVII веках.

Встречается фамилия в основном в Вологодской, Кировской и Ярославской областях — там, где диалектная лексика сохранила слово «хныкать» в бытовом обиходе. В писцовых книгах XVII века можно найти упоминания крестьян Хнытиных и Хныковых, но форма Хнытиков зафиксирована позже, в метрических книгах XIX века, что говорит о её относительно позднем оформлении.

Интересно, что фамилия Хнытиков не имеет отношения к украинскому или белорусскому «хнити» (гнить) — это разные корни. Русская огласовка с «ы» после «х» и суффикс -ик однозначно указывают на прозвище, а не на профессиональное имя. Правдоподобнее всего считать, что первый носитель фамилии был человеком, которого в деревне знали как Хнытика — либо за тихий голос, либо за привычку постоянно скулить.

Сословно фамилия крестьянская, реже мещанская. В дворянских гербовниках она не значится, что тоже подтверждает её народное происхождение. В современной России фамилия редкая, но не исчезающая — её носители встречаются и в городах, и в сельской местности.