Фамилия Хобатенков — редкий пример, где сложность и неочевидность корня не мешают разобрать её по косточкам. В основе лежит прозвище или неканоническое имя Хобатенок, а само слово состоит из трёх частей: корня «хобот-», суффикса «-енок» (указывающего на молодость или уменьшительность) и фамильного суффикса «-ов». Модель образования типична для русских фамилий: сначала от прозвища образовали «полуфамилию» (Хобатенок — сын Хобота), затем закрепили в виде Хобатенков.

Корень «хобот» в русском языке многозначен. Самое прямое значение — нос слона или вытянутая часть тела насекомого, но в народной речи так называли длинный нос у человека, а также неуклюжего, неловкого человека. В диалектах встречается и «хоботень» — мешок, котомка, что могло относиться к торговцу или страннику. Таким образом, Хобатенок — это, скорее всего, «маленький Хобот» или сын человека с прозвищем Хобот. Прозвище могли дать за длинный нос, за медлительность или за привычку носить с собой много вещей.

География фамилии узкая. По данным открытых источников, основные очаги Хобатенковых — юг России (Краснодарский край, Ростовская область) и Украина (Харьковская, Сумская области). Это указывает на возможное происхождение из южнорусских или украинских говоров, где слово «хобот» и его производные были более употребительны. Суффикс «-енок» в фамилиях чаще встречается на Украине и в Белоруссии, но встречается и в русских фамилиях, особенно в западных и южных регионах.

С точки зрения социального статуса, фамилия не указывает на дворянское происхождение. Скорее всего, её носители были крестьянами или мещанами. В документах XVIII–XIX веков такие фамилии часто фиксировались как «Хобатенко» (без русского суффикса) или «Хобатенок», а окончание «-ов» добавилось уже при русификации или при переписях, когда фамилии приводили к единообразию. Споров о происхождении корня почти нет — все версии так или иначе сводятся к «хоботу», хотя нельзя полностью исключить связь с украинским «хоба» (клубок, моток), что дало бы прозвище путаному или сбивчивому человеку. Но вариант с «носом» или «неуклюжестью» остаётся самым простым и правдоподобным.