Фамилия Ходен — редкий пример, где основа не вписывается в стандартные модели русских фамилий на -ов/-ев или -ин. Она звучит скорее как застывшая форма именительного падежа, что наводит на мысль о нерусском происхождении. Скорее всего, перед нами фамилия, пришедшая из польского, белорусского или украинского языков, где суффикс -ен встречается чаще, чем в великорусской традиции.

Самая вероятная версия связывает фамилию Ходен с древнерусским или западнославянским глаголом «ходити» (ходить). В таком случае Ходен — это прозвище, данное человеку за его походку, манеру передвигаться или за профессию, связанную с ходьбой: гонец, пеший посыльный, странник. В белорусском языке слово «ходзень» могло означать «ходок» или «пешеход». Фамилия могла возникнуть и от имени Ходен — уменьшительной формы от нецерковного имени Ход (Ходимир, Хотеслав), которое давали ребенку, чтобы он рос подвижным и бойким.

Менее распространённая, но возможная гипотеза — географическое происхождение. В Польше есть деревня Ходень (Chodeń) в Люблинском воеводстве. Фамилия могла закрепиться за выходцем из этого села, и тогда она работает по модели «название места + суффикс принадлежности». В этом случае ударение, скорее всего, падает на первый слог: Хо́ден, а не Ходе́н.

Сравнение с однокоренными фамилиями многое проясняет. В русских говорах хорошо известны фамилии Ходнев, Ходневский, Ходенков. Они образованы от той же основы, но с помощью типичных русских суффиксов. Фамилия Ходен — более ранняя, архаичная форма, которая не прошла стадию «опризвания» через -ов. Это говорит о том, что её носители могли жить на западных окраинах русского мира или происходить из шляхетской среды, где фамилии часто застывали в именительном падеже.

Найти фамилию Ходен в дореволюционных метрических книгах можно преимущественно в губерниях, граничащих с Беларусью и Польшей: Смоленской, Могилёвской, Гродненской, а также в Малороссии. Сословная принадлежность могла быть разной: от крестьян и мещан до однодворцев. Никаких громких исторических личностей с этой фамилией не зафиксировано, что типично для редких родовых имён, не попавших в дворянские родословные книги.