Фамилия Ходяйкина — женская форма фамилии Ходяйкин, и образована она от прозвища или мирского имени Ходяйка. Слово «ходяйка» в русских говорах означает «хозяйка», «рачительная женщина», «та, кто ведет дом». В старину так могли назвать не только женщину, но и мужчину — в ироничном или уважительном смысле: «ходяй» или «ходяйка» нередко говорили о хозяине, домовитом мужике. Таким образом, Ходяйка — это прозвище человека, который слыл рачительным, заботливым, умеющим управляться с хозяйством.

Суффикс -ин в фамилии Ходяйкин указывает на принадлежность: «чей?» — «сын Ходяйки», «из семьи Ходяйки». Это типичная модель для русских фамилий, образованных от прозвищ на -а, -я (сравните: Косой → Косин, Грязный → Грязнин, но тут основа не прилагательное, а существительное). В XIX веке такие фамилии чаще встречались в северных и центральных губерниях России, особенно в Вологодской, Архангельской, Костромской областях, где был распространен «окающий» говор и слова с корнем «ход-» в значении «хозяйство» (ср. «ходить» в смысле «ухаживать», «вести дела»).

Есть и другая, менее вероятная версия: связь с диалектным глаголом «ходяйничать» — «распоряжаться», «командовать». Тогда прозвище Ходяйка мог получить человек властный, любящий указывать. Но в пользу первой гипотезы говорит то, что фамилия Ходяйкин фиксируется в переписях XVII–XVIII веков именно в крестьянской среде, где хозяйственность ценилась превыше всего.

Фамилия нечастая. Её можно встретить в Нижегородской, Кировской и Вологодской областях, а также в среде старообрядцев — у них «ходяями» называли выборных хозяев общины. В советское время фамилия могла искажаться под влиянием слова «ходить», но исходный корень — именно «хозяйство», а не движение.