Фамилия Хоходра — один из тех редких случаев, когда основа слова не поддаётся однозначной славянской или тюркской этимологии, а скорее всего, имеет южнославянские или румынские корни. Если отбросить суффикс -а, который в русских фамилиях часто указывает на украинское или белорусское происхождение (как в фамилиях Голота, Мирошниченко), то остаётся корень «хоходр». Прямого значения в русском языке у него нет. Наиболее правдоподобная версия: фамилия образована от прозвища, которое восходит к румынскому слову «hohodr» или его диалектным вариантам, означающим «хохотун», «громкоголосый» или «насмешник». В Молдавии и на юго-западе Украины (Буковина, Одесская область) такие прозвища давали людям с громким, заразительным смехом или тем, кто любил подшучивать.

Вторая, менее вероятная гипотеза связывает фамилию с тюркским «хох» (сухой, пустой) и «дра» (дорога, путь), что могло бы означать «пустынная дорога» или «сухое русло». Однако эта версия спорна: тюркские фамилии редко образуются с таким суффиксом, и в ономастических словарях (например, у Б. Унбегауна) подобная модель не фиксируется. Скорее всего, мы имеем дело с местным, диалектным прозвищем, которое закрепилось за одним родом.

Географически фамилия Хоходра крайне редка. В дореволюционных метрических книгах и ревизских сказках она почти не встречается, что говорит о её локальном бытовании — возможно, в одном-двух сёлах на границе Украины и Молдавии. Носители фамилии, скорее всего, были крестьянами или мещанами, а прозвище дали предку за характерную черту поведения — громкий смех или склонность к иронии. Суффикс -а в конце указывает на то, что фамилия могла быть «застывшей» формой прозвища в именительном падеже, что типично для украинской антропонимии (сравните: Хома, Неборака). Сегодня фамилия Хоходра — ономастическая редкость, и её разбор требует обращения к живым говорам, а не к словарям литературного языка.