Фамилия Холхотян — редкий случай, когда географическая привязка почти наверняка перевешивает любые другие версии происхождения. Её основа, суффикс и история бытования указывают на Закавказье, а точнее — на армянскую среду, хотя по форме она может сбивать с толку.

Разберём модель. Фамилия образована по армянской патронимической модели с суффиксом -ян (в старой орфографии — -янц). Это самый распространённый фамильный формант в Армении, соответствующий русскому «сын такого-то» или «принадлежащий роду такого-то». Основа — Холхот. В русском языке сочетание «холхот» не имеет внятной семантики: оно не связано ни с «холка», ни с «хохот», ни с «холоп». Зато в армянском существует слово խոլխոտ (холхот), которое означает «шумный», «беспокойный», «суматошный». Прозвище Холхот могли дать человеку с живым, громким нравом или непоседе. Соответственно, Холхотян — «из рода Холхота», то есть потомок того самого шумного или суетливого человека.

Вторая версия, менее вероятная, но допустимая: топонимическая. На территории исторической Армении и соседних регионов встречаются микротопонимы с корнем «холх» (ср. Холх, Холховка в контексте тюркских языков, где «холх» может означать «пустырь» или «глина»). Однако для фамилии, оканчивающейся на -ян, антропонимическое (прозвищное) происхождение первично. Без конкретных данных переписи или метрических книг утверждать топонимику рискованно.

География фамилии подтверждает армянский след. Холхотяны встречаются в среде армянских общин, особенно в Краснодарском крае, Ставрополье и Ростовской области — регионах массового расселения армян в XIX–XX веках. В центральной России фамилия практически не фиксируется, что исключает её русское или тюркское происхождение (в тюркских языках формант -ян нехарактерен).

Итак, главный вывод: Холхотян — армянская фамилия, образованная от прозвища Холхот («шумный, беспокойный») с помощью патронимического суффикса -ян. Предок носителя фамилии, скорее всего, получил это прозвище за характер или манеру поведения, и оно закрепилось за родом. Другие версии (от тюркского «холх» — глина, пустырь) имеют право на существование, но слабо подкреплены ареалом фамилии и типичной ономастической моделью.