Фамилия Холхоева — женская форма фамилии Холхоев, и её происхождение уводит нас в область бурятской и монгольской ономастики. Скорее всего, перед нами не славянская, а восточная фамилия, адаптированная русским языком через суффикс -ев. Основа «Холхо» или «Холхой» — это не прозвище от профессии или внешности, а личное имя или его часть.

В бурятском и монгольском языках слово «холхой» означает «далёкий», «отдалённый», а также может переводиться как «пустыня» или «степь». В составе личных имён этот корень часто встречается в составных конструкциях, например, Холхоев могло быть образовано от имени Холхо, которое давали ребёнку, чтобы «отогнать» злых духов или подчеркнуть особенность места рождения. Есть и другая версия: «холхой» — это старинное название змеи или гадюки в некоторых тюркских языках, что тоже могло стать основой для родового прозвища.

Географически фамилия Холхоевы наиболее распространена среди бурят, особенно в Иркутской области и Забайкалье. Встречается она и у калмыков, что указывает на единый монгольский корень. Форма на -ев, а не на -ов, типична для фамилий, которые в русском языке адаптировали из тюркских и монгольских языков: суффикс -ев прибавляется к основам, оканчивающимся на мягкий согласный или гласный (Холхо-ев).

Таким образом, предки человека с фамилией Холхоева, скорее всего, были бурятами или калмыками, а сама фамилия произошла от личного имени Холхо. Значение этого имени могло быть связано либо с характеристикой «дальний» (возможно, ребёнок родился в степи или в отдалённом стойбище), либо с тотемным животным — змеёй. Точной привязки к конкретному сословию (дворяне, казаки, крестьяне) по этой фамилии нет — в среде кочевых народов фамилии закреплялись позже и часто не несли социальной окраски.