Фамилия Холбоева образована по самой распространённой в русском языке модели — с помощью суффикса -ов/-ев (в женском роде — -а). Однако её основа не русская, что сразу указывает на её вероятное происхождение. Скорее всего, перед нами фамилия, корни которой уходят в бурятскую или монгольскую языковую среду.

Основа «Холбо-» восходит к бурятскому слову «холбоо» или монгольскому «холбоо», что означает «связь», «соединение», «союз». В переносном смысле так могли называть человека, который выступал связующим звеном, посредником или объединителем. Возможно, это было прозвище старшины рода, главы общины или человека, ответственного за переговоры и дипломатию. Реже основу связывают с личным именем Холбо, которое давали ребёнку, родившемуся после долгого перерыва или в момент объединения семей.

По суффиксу -ев (а не -ов) можно предположить, что фамилия фиксировалась в русских документах, когда основа оканчивалась на мягкий согласный или «й». В бурятском произношении конечный гласный мог редуцироваться, и русские писцы записывали фамилию как «Холбоев». Таким образом, Холбоева — это «дочь (или жена) Холбоева», то есть человека по прозвищу или имени Холбо.

Географически фамилия Холбоева чаще всего встречается в Бурятии, Иркутской области и Забайкальском крае — регионах исторического проживания бурят. Встречается она и у калмыков, чей язык относится к той же монгольской группе. Социальный контекст: носители фамилии — потомки скотоводов, охотников или родовых старейшин, чьи предки получили фамилию при массовой христианизации и паспортизации в XIX — начале XX века.

Если сравнивать с однокоренными фамилиями, то «Холбоев» — редкий вариант. Более часты фамилии от тюркских корней (Холбаев, Халбаев), но у них другое значение (от «холба» — «мешок», «сума»). Бурятская версия представляется более обоснованной, так как слово «холбоо» активно используется в регионе и имеет прямое отношение к социальной роли человека.