Фамилия Холбоев — яркий пример фамилии, образованной от личного имени, а не от прозвища или профессии. Её основа — тюркское мужское имя Холбой, которое распространено у многих народов Средней Азии (узбеков, таджиков, каракалпаков). Слово «хол» в тюркских языках означает «раб», «слуга» (ср. «кул» в тех же значениях), а «бой» — «богатый», «господин». Таким образом, Холбой — это составное имя-оберег, типичное для доисламской и раннеисламской эпохи: «раб богатого (господина)». Родители давали такое имя, чтобы уберечь ребёнка от сглаза и злых духов, принижая его статус в глазах нечистой силы.

Русский суффикс -ев указывает на то, что фамилия оформлялась в русскоязычной среде, скорее всего, при документировании в Российской империи. По модели «Холбой + -ев» получалось «Холбоев» — «сын Холбоя», «принадлежащий Холбою». Это типичный патроним, который закрепился в качестве фамилии. Суффикс -ов здесь не подходит, так как основа оканчивается на мягкий согласный «й», поэтому пишется -ев.

Географически фамилия Холбоев наиболее частотна в Узбекистане, Таджикистане и на юге Кыргызстана. В России она встречается редко, в основном у выходцев из этих регионов. Среди носителей фамилии много людей, чьи предки были земледельцами или ремесленниками в оазисах Ферганской долины или Зеравшана. Интересно, что имя Холбой могло также выступать как прозвище для человека, который работал на богатого хозяина, но в данном случае более вероятна именно именная основа.

С точки зрения словообразования, фамилия Холбоев стоит в одном ряду с такими фамилиями, как Холматов (от Холмат — «раб Мухаммада»), Холмуродов (от Холмурод — «раб желаемого») или Кулбаев (от Кулбай — «раб-господин»). Все они отражают одну и ту же культурную традицию: родители нарекали сына «рабом» в надежде, что высшие силы оставят его в покое, а значит, он вырастет здоровым и благополучным.