Фамилия Хонбоев звучит непривычно для русского уха, но её происхождение укладывается в ясную и типичную для восточных регионов модель. Это фамилия, корни которой ведут в тюрко-монгольскую языковую среду, скорее всего, на территорию Бурятии или Монголии. Основа фамилии — личное имя Хонбой, а суффикс -ев указывает на русскую патронимическую форму, то есть буквально «сын Хонбоя». Такой способ оформления фамилий был распространен среди бурят, калмыков и других народов, входивших в состав Российской империи: к местному имени добавляли русский суффикс принадлежности.

Имя Хонбой составное. Первая часть, «хон», в бурятском и монгольском языках означает «баран» или «овца». Вторая часть, «бой», — это тюркское слово «бай», означающее «богатый», «господин», «хозяин». Таким образом, Хонбой — это «богатый бараном» или «хозяин овец». Имя могло быть дано как пожелание богатства и благополучия в скотоводческом хозяйстве, а могло закрепиться как прозвище за человеком, владевшим большим стадом. В бурятской антропонимии такие «скотоводческие» имена — обычное дело: они отражали главный источник жизни кочевника.

С точки зрения словообразования, фамилия Хонбоев стоит в одном ряду с такими бурятскими фамилиями, как Цыбиков, Бальжинимаев, Базаров. Все они образованы по одной схеме: личное имя плюс русский суффикс. Интересно, что в самой Бурятии фамилия может встречаться в варианте Хонбоев или с ударением на второй слог — Хонбоев, в зависимости от местного говора. Встречается она нечасто, в основном на юге Сибири, в Республике Бурятия и соседних регионах.

Есть и менее вероятная версия, связывающая фамилию с тюркским словом «хон» в значении «хан» или «владыка». Но она слаба: бурятское «хон» (баран) фонетически и семантически более убедительно, особенно в сочетании с «боем». В любом случае, фамилия Хонбоев — не русская по происхождению, а яркий пример того, как имена скотоводов Великой степи получили русское фамильное оформление.