Фамилия Холобуденко — яркий пример украинской модели фамилеобразования с суффиксом -енко. Этот суффикс, по данным ономастов, в XVI–XVII веках закрепился на территории современной Украины как основной для обозначения потомка по мужской линии: буквально «сын такого-то» или «маленький, молодой». В данном случае основа — Холобуд, прозвище или фамилия отца.

Ключ к пониманию фамилии — в корне «холо-». Он восходит к слову «холоп»: в древнерусском языке так называли зависимого человека, слугу, крепостного. В украинском произношении «о» перешло в «і» под ударением (холоп — холіп), но в безударной позиции сохранилось как «о». Вторая часть — «буд» — от глагола «бути» (быть) или «будувати» (строить). Но скорее всего, это не «строитель холопов», а сложение двух смыслов: прозвище Холобуд означало «холоп по сути, по жизни», то есть человек, чья судьба — быть в услужении. Такие прозвища давали либо по социальному статусу, либо иронично — свободному, но бедному крестьянину.

Менее вероятная, но допустимая версия: связь с диалектным «холобуда» — нечто шаткое, непрочное, возможно, прозвище нерасторопного или слабосильного человека. Однако первая версия логичнее, учитывая распространённость социальных прозвищ в казацкой среде, где фамилии на -енко как раз и возникали массово.

Географически фамилия Холобуденко тяготеет к центральным и восточным областям Украины — Полтавщине, Черкащине, Днепропетровщине. Там же встречаются однокоренные Холобуд, Холобутенко, Холобутов. В России фамилия редка, встречается в основном на юге, куда переселялись украинские крестьяне в XIX — начале XX века.

Социальный контекст: носители фамилии почти наверняка происходят из крестьян или казацкой бедноты. Фамилия не дворянская, не шляхетская — суффикс -енко в тех кругах не прижился. Она фиксирует не род занятий, а положение предка, причём с оттенком пренебрежения: «холопский сын». Впрочем, со временем прозвищный смысл стёрся, и фамилия стала просто родовым именем.