Фамилия Холофьян — одна из тех, чей корень спрятан за непривычным для русского уха звучанием. Это типично армянская фамилия, и её основа указывает на происхождение от личного имени или прозвища. Суффикс «-ян» (в старой орфографии часто «-янц») — один из самых распространённых патронимических формантов в Армении, означающий «принадлежащий к роду такого-то» или «сын такого-то». Поэтому Холофьян — это буквально «из рода Холофа».

Сложность в том, что имя или прозвище Холоф (или Холоп) в армянском языке не имеет очевидного прямого толкования. Вероятнее всего, это не исконно армянское слово, а заимствование. Самая правдоподобная версия связывает его с тюркскими языками. В тюркском «холоп» могло означать «слуга», «раб» или, в более широком смысле, «человек, находящийся в услужении». В русский язык слово «холоп» пришло именно из тюркских наречий, и в армянской среде, долгое время жившей в тесном контакте с тюркскими народами, такое прозвище могло закрепиться за человеком, который служил у кого-то или выполнял работу по найму.

Менее вероятной, но всё же возможной выглядит версия о связи с греческим словом, обозначающим «кузнеца» или «ремесленника по металлу» (через диалектные формы). Однако в таком случае фамилия чаще имела бы иное окончание. Географически фамилия Холофьян встречается в основном среди армян, исторически проживавших на территории Западной Армении (ныне восток Турции) и в Крыму, где армянские общины были многочисленны. Переселенцы из этих регионов в XIX веке принесли фамилию в Новороссию и на Кубань.

Таким образом, фамилия Холофьян — это патроним, образованный от прозвища, скорее всего, указывающего на социальное положение или род занятий предка, который мог быть слугой, наёмным работником или ремесленником. В отличие от многих русских фамилий, здесь нет суффикса принадлежности к помещику или вотчине — это чисто родовая метка, указывающая на конкретного человека по имени или занятию Холоф.