Фамилия Холоименко сразу привлекает внимание необычной основой. В ней явно слышится корень «холоп» — в древней Руси так называли человека, находившегося в личной зависимости, фактически раба. Однако прямое значение «сын холопа» было бы слишком простым и не всегда точным объяснением. Слово «холоп» в старину имело и более широкий, бытовой смысл: так могли назвать слугу, работника, а в некоторых говорах — даже просто парня или молодца, но с оттенком пренебрежения или шутки. Поэтому прозвище Холоп или Холой (украинская фонетическая форма того же слова) мог получить не обязательно крепостной, а, скажем, бойкий батрак или человек, служивший в чьём-то доме.

Суффикс «-енко» — типичный для украинской и южнорусской ономастики. Он означает «маленький», «сын» или «потомок». Таким образом, Холоименко — это буквально «сын Холопа» или «потомок Холопов». Форма на «-енко» указывает, что фамилия закрепилась на территории современной Украины или в южных областях России (Курская, Белгородская, Воронежская губернии), где такие модели были особенно распространены в XVII–XVIII веках.

Интересно, что в отличие от фамилий на «-ов» (Холопов), которые чаще носили великорусские крестьяне, форма на «-енко» могла принадлежать и казакам, и мещанам, и крестьянам. Социальный статус предка-носителя прозвища мог быть любым: прозвище «Холоп» нередко давали не за реальную зависимость, а за внешность, манеру поведения или даже в качестве охранительного имени — чтобы злые силы не позарились на ребёнка, названного «ничтожным» именем.

Встречается и более редкая версия: основа «Холой» могла произойти от диалектного глагола «холоиться» (суетиться, работать в поте лица) или от слова «холуй» (лакей, прислужник). Но это уже догадки, не подкреплённые прямыми письменными источниками. Наиболее надёжное объяснение — через прозвище Холоп (Холой) с патронимическим суффиксом «-енко», что даёт фамилию, указывающую на прямого предка: того самого Холопа, который, возможно, и не был холопом по рождению.