Фамилия Холзаков ведет начало от прозвища Холзак, которое давали предку рода. В основе этого прозвища, скорее всего, лежит диалектный глагол «холзать, холзакать», означавший «шататься, хлябать, бродить взад-вперед». Отсюда Холзаком могли прозвать суетливого человека или того, кто слонялся без дела, лентяя. Но у слова есть и другое, совсем неожиданное значение: под Ярославлем рыбаки называют холзаком (или гопзаком) долгоусого пескаря. Если прозвище пошло от этой рыбы, то оно могло указывать на внешность — например, на длинные усы — либо на то, что человек был рыбаком.

Получается, что фамилия Холзаков многозначна: она может говорить и о характере, и о внешности, и даже о роде занятий основателя рода. Нельзя с уверенностью сказать, какая из версий верна для конкретной семьи, но обе имеют право на существование. Редкость фамилии и ее привязка к северным говорам делают ее особенно интересной: в Книге памяти Архангельской области упоминается рабочий Холзаков Алексей Степанович, 1880 года рождения, из села Воскресенское Пинежского уезда. Это одно из немногих документальных подтверждений бытования фамилии в северных землях, где диалектная лексика, включая глагол «холзать», была в ходу.

Потомок человека с прозвищем Холзак со временем получил фамилию Холзаков. Суффикс -ов указывает на принадлежность: буквально это «сын Холзака». Такой тип фамилий был самым распространенным на Руси, но основа здесь не церковное имя, а прозвище, что говорит о живом народном языке, из которого фамилия и вышла.