Фамилия Хомгоков — редкая и территориально привязанная. Её основу образует прозвище или имя Хомгок, которое, скорее всего, имеет тюркское происхождение. Вероятнее всего, в основе лежит слово «хом» или «хомг» — в ряде тюркских языков это «песок», «песчаный», «песчаная возвышенность» (сравните с казахским «құм» — песок). Суффикс «-гок» мог быть уменьшительной или уничижительной формой, характерной для некоторых диалектов. Таким образом, Хомгок — это «песчаный», «живущий у песков» или «человек из песчаной местности». Впрочем, нельзя исключать и антропонимическую версию: Хомгок могло быть личным именем, данным по местности (топонимическое имя).

Модель образования фамилии — классическая русская патронимическая: к основе Хомгок прибавили суффикс «-ов», что означает «сын Хомгока» или «потомок Хомгока». Такая схема типична для фамилий, возникших в среде русского крестьянства и казачества в XVI–XVII веках, когда на южных и восточных окраинах государства активно селились выходцы из Поволжья и Приуралья, смешанные с тюркским населением. Поэтому географически фамилия Хомгоков тяготеет к регионам с сильным тюркским субстратом: Оренбуржье, Башкортостан, Татарстан, а также к южноуральским и сибирским казачьим станицам.

Интересная деталь, отличающая эту фамилию от похожих: она не имеет однозначного славянского корня. В отличие от фамилий на «-ов» от прозвищ, связанных с ремёслами или внешностью (Кузнецов, Белов), Хомгоков — пример фамилии, где русская модель оформления (суффикс «-ов») наложилась на иноязычную основу. Это указывает на то, что предок, вероятно, был не просто носителем тюркского прозвища, а принял православие и вошёл в русское податное сословие, где фамилию давали по отцу. Сословно, скорее всего, это были государственные крестьяне или казаки, а не дворяне: фамилия не встречается в родословных книгах и имеет «простонародный» облик.

Спорных версий немного. Иногда пытаются связать «хомгок» с калмыцким «хом» — «сила, мощь», но это менее вероятно, так как калмыцкое влияние на русскую фамильную систему было слабее, чем татаро-башкирское. Также встречается гипотеза о связи с диалектным русским словом «хомяк» (через форму «хомягок»), но она не выдерживает критики: переход «я» в «о» в безударной позиции в данном случае нехарактерен для русских прозвищ.

Таким образом, фамилия Хомгоков — это «песчаный след» в русской ономастике, указывающий на предка из южноуральских или приуральских степей, получившего прозвище по месту жительства или особенности ландшафта, и вошедшего в русскую культуру через крещение и патронимическую фамилию.