Фамилия Хомнюк — яркий пример того, как украинская модель словообразования закрепилась в русском ономастиконе. Её основа — прозвище Хомня, а суффикс -юк указывает на принадлежность: «чей?» — «Хомнев сын» или «Хомнев внук». В украинской и белорусской традиции суффикс -юк (наряду с -ук, -чук) выполняет ту же роль, что русское -ов или -ин, и особенно распространён на Волыни, Подолье и в Полесье. Так что географически фамилия Хомнюк скорее всего берёт начало в западных или центральных областях Украины.

Корень «Хом» в прозвище Хомня восходит к каноническому имени Фома (др.-греч. Θωμᾶς, от арамейского «близнец»). В украинском языке начальное «ф» часто переходило в «х» или «хв» — так Фома превратился в Хому, а уменьшительная форма дала Хомню. Это же имя дало фамилии Хоменко, Хомутов, Хомяков, но Хомнюк стоит особняком: суффикс -юк здесь не патронимический (как в случае с Хоменко), а скорее указывает на младшего родственника или ученика. Впрочем, на практике граница между этими значениями стёрта, и Хомнюк означает просто «потомок Хомни».

Интересно, что в некоторых говорах «хомня» могло быть не только уменьшительным от Хома, но и самостоятельным прозвищем человека с медлительным, «хомячьим» характером или даже с внешним сходством с этим зверьком. Однако основная версия — именная — надёжнее, потому что прозвища от имён давали чаще, чем от животных. В пользу этого говорит и обилие украинских фамилий на -юк от имён: Иванюк, Петрюк, Гринюк.

В современной России фамилия Хомнюк встречается редко, в основном на юге и в центральных регионах, куда шли миграционные потоки с Украины. Сословно носители могли быть и крестьянами, и казаками, и мещанами — суффикс -юк не даёт подсказки о социальном статусе, в отличие от дворянских -ский или -ович. Если ваши предки носили эту фамилию, скорее всего, они происходили из среды, где украинский язык был бытовым, а имя Фома — распространённым.