Фамилия Хорюткина — редкая и неоднозначная по происхождению. Её основа — «Хорютка» — в современных говорах почти не встречается, что затрудняет однозначную этимологию. Скорее всего, это прозвище или мирское имя, образованное от диалектного слова. В русских говорах, особенно северных и сибирских, известно слово «хорюта» — так могли называть хорька, небольшого хищного зверька. Уменьшительная форма «Хорютка» в таком случае означала бы «маленький хорёк». Прозвища по названиям зверей были распространены на Руси: они давались за проворство, хитрость, внешнее сходство или повадки. Человек, получивший прозвище Хорютка, мог быть юрким, изворотливым или невысоким ростом.

Менее вероятная, но возможная версия связывает фамилию с диалектным «хорюта» в значении «нечто плохое, дрянь, хлам». В архангельских говорах, например, «хорюта» — это сор, мусор. В этом случае прозвище могло даваться неряшливому человеку или, в переносном смысле, тому, кто занимался уборкой, вывозом отбросов. Однако зооморфная версия (от хорька) выглядит более естественной для прозвища и встречается в ономастике чаще (ср. фамилии Хорьков, Хорёк).

Фамилия образована по стандартной русской модели: к основе «Хорютк-» добавлен суффикс притяжательного прилагательного «-ин». Суффикс «-ин» указывает на принадлежность: Хорюткины — это потомки человека по имени или прозвищу Хорютка. Женская форма Хорюткина исторически означала «жена или дочь Хорютки», но для современного носителя это просто вариант фамилии по женскому роду.

С географической точки зрения фамилия крайне редкая. Встречается в основном в центральных и северных областях России, единичные записи есть в Вологодской и Кировской областях. Из-за редкости и неочевидной семантики фамилия могла подвергаться искажению на письме: в старых документах её могли записать как «Хоруткина», «Харюткина» или «Хоряткина». Это стоит учитывать при поиске предков — стоит проверять варианты с буквами «у» и «я» в корне.

Социальный состав носителей, скорее всего, был крестьянским или мещанским: прозвищные фамилии на «-ин» редко встречались у дворянства, которое чаще носило фамилии на «-ов» или «-ский». Таким образом, фамилия Хорюткина — живое свидетельство народной наблюдательности, где прозвище, данное за характер или внешность, закрепилось в роду на века.