Фамилия Харюткина — женская форма, а мужская, Харюткин, образована по стандартной русской модели с суффиксом -ин. Этот суффикс указывает на принадлежность: Харюткин буквально значит «чей?» — «сын Харютки» или «человек из семьи Харютки». Основа здесь необычная: Харютка — это не полное имя, а скорее уменьшительно-ласкательный или пренебрежительный вариант от имени Харитон.

Харитон — каноническое крестильное имя греческого происхождения, в переводе означающее «благодатный», «щедрый». В народной среде его сокращали по-разному: Хариша, Харя, Харюта. Форма Харютка — редкая, с характерным южнорусским или украинским смягчением (сравните: Харько, Харютя). То есть Харюткины — потомки человека, которого в быту звали Харюткой, то есть уменьшительно Харитоном.

Менее вероятная, но возможная версия — связь с диалектным словом «харя» (лицо, морда, а также маска). В таком случае прозвище Харютка мог получить человек с выразительной внешностью или, например, ряженый на святках. Однако эта гипотеза слабее: суффикс -ют- в русских прозвищах чаще образует ласкательные формы от имён, а не от нарицательных слов.

Географически фамилия тяготеет к центральным и южным областям России. В документах XVII–XVIII веков встречаются крестьяне Харюткины в Рязанской, Тамбовской и Воронежской губерниях. Это говорит о том, что предки были, скорее всего, крепостными или однодворцами — не дворянами, а простыми земледельцами. Сословный состав фамилии типичен для крестьянского ономастикона: имя в основе, уменьшительная форма, патронимический суффикс.

Если сравнивать с однокоренными фамилиями — Харитонов, Харитошин, Харютин, — то Харюткин стоит особняком из-за редкого суффикса -к-, который дополнительно указывает на конкретного человека (Харютка, а не просто Харюта). Такая словообразовательная цепочка (Харитон → Харюта → Харютка → Харюткин) встречается нечасто и делает фамилию узнаваемой.