Фамилия Хотненко звучит как типичная украинская фамилия, и это первая зацепка для её разбора. Суффикс -енко — один из самых распространённых в украинской ономастике, он указывает на происхождение по отцу («чей?» — «Хотнин сын»). Такие фамилии массово закреплялись в Поднепровье, Слобожанщине и на юге России в XVI–XVIII веках, когда казацкая старшина и крестьяне фиксировали родовые прозвища.

Сложнее с корнем Хотн-. Самое очевидное — связать его с древнерусским глаголом «хотеть»: основа «хот-» дала множество имён (Хотен, Хотимир, Хотенко) и прозвищ. В этом случае Хотненко — потомок человека по прозвищу Хотень, то есть «желанный», «любимый» или, наоборот, «своенравный, поступающий по своей воле». В старых актах встречается имя Хотен (например, Хотен Блудович в былинах), что делает эту версию основной.

Менее вероятная, но возможная версия — связь с диалектным словом «хотня» (в некоторых говорах — «охота», «желание», а также «небольшая усадьба» или «хутор»). В таком случае фамилия могла возникнуть от названия места: человек из урочища Хотня или Хотное. На карте есть село Хотня в Сумской области и несколько деревень с похожими названиями в Беларуси. Однако для фамилии на -енко топонимическая версия слабее: такой суффикс чаще цепляется к личным именам, чем к географическим названиям.

В написании фамилии обращает на себя внимание двойное «т»: Хотненко, а не Хотенко. Это может указывать на вариант исходного имени — не Хот, а Хотня или Хотний (в украинском языке есть прилагательное «хотній» — «охотный», «желающий»). Либо это результат адаптации: в польском влиянии (через «chętny» — «охотный») или в случае, когда отчество образовалось от полной формы имени Хотен, а потом выпала одна буква при произношении.

Сословного барьера у фамилии не было: Хотненко могли носить и казаки, и крестьяне, и мещане. В ревизских сказках XIX века эта фамилия встречается в Черниговской и Полтавской губерниях — в тех краях, где суффикс -енко был нормой для всех слоёв населения. Если ваш предок был Хотненко, скорее всего, его родословная уходит в левобережную Украину, а прозвище предка звучало как Хотень — «желанный» или «упрямый».