Фамилия Хотонюк встречается нечасто, и её происхождение не лежит на поверхности — здесь нет очевидной связи с распространёнными славянскими именами или профессиями. Чтобы понять её корень, нужно приглядеться к словообразовательной модели. Суффикс -юк характерен для западноукраинских и белорусских фамилий, особенно для Волыни, Полесья и Подолья. Он указывает на принадлежность или родство: «чей-то сын», «потомок». Таким образом, Хотонюк — это «сын Хотона» или «потомок Хотоня».

Самая вероятная основа — прозвище Хотон. В диалектах украинского и белорусского языков слово «хотiти» означает «хотеть», «желать». Прозвище Хотон могли дать человеку настойчивому, упрямому, всегда добивающемуся своего, либо, наоборот, тому, кто постоянно выражал недовольство и требовал чего-то. Встречается и другая версия: корень может восходить к древнему личному имени Хот (сокращённая форма от Хотимир, Хотеслав), которое в народной среде переосмыслилось и дало производные типа Хотун, Хотен, Хотон. В этом случае фамилия Хотонюк — патронимическая, то есть образованная от имени предка.

Географически фамилия тяготеет к западным регионам Украины, особенно к Ровненской и Волынской областям, а также встречается в приграничных районах Беларуси. В польских метриках XIX века можно найти похожие формы — Chotoniuk, Chotuniuk, что подтверждает её западнославянский след.

Сословно носители фамилии, скорее всего, были крестьянами или мещанами. Дворянских родов с такой фамилией в гербовниках не зафиксировано. В отличие от фамилий на -ов или -ин, которые часто закреплялись за бывшими крепостными центральной России, западноукраинские фамилии на -юк сохраняли более древнюю патронимическую форму, не пережитую административной унификацией.

Известных исторических личностей с этой фамилией нет, что делает её типичным примером «народной» ономастики — без громких титулов, но с живой связью с диалектом и бытом тех мест, где её носили.