Фамилия Хруберов — редкая и неочевидная. Её основа не связана с распространёнными славянскими корнями, и это сразу заставляет искать другие версии. Скорее всего, перед нами фамилия, возникшая на стыке языков или культур.

Первый и самый вероятный вариант — немецкое или еврейское (ашкеназское) происхождение. В немецком языке существует фамилия Gruber (Грубер), которая означает «землекоп», «шахтёр» или «тот, кто живёт в яме/овраге» (от слова Grube — «яма», «шахта»). Русское ухо могло адаптировать «Грубер» в «Хрубер» через замену начального «Г» на «Х» — это характерно для южнорусских и украинских говоров (ср. «хрунт» вместо «грунт»). Суффикс -ов добавили уже на русской почве, чтобы вписать фамилию в привычную модель притяжательных прилагательных. Таким образом, Хруберов — это «сын Грубера», потомок шахтёра или переселенца из немецких колоний.

Вторая версия, менее правдоподобная, но возможная — что фамилия образована от прозвища «Хрубер». Такое прозвище могли дать человеку, который хрустел, грыз что-то твёрдое, или, в переносном смысле, — придирчивому, «грызущему» критику. Однако в русском языке нет слова «хрубер» как самостоятельного, поэтому эта гипотеза слабая.

Географически фамилия Хруберов, судя по современным данным, встречается крайне редко, в основном на юге России и в Поволжье — регионах, где исторически селились немецкие колонисты. Встречаются варианты написания «Хрубер» и «Хруберов», что подтверждает переходную форму: сначала фамилию носили без суффикса (как Хрубер), а потом «обрусевшая» ветвь добавила -ов.

Таким образом, носитель фамилии Хруберов, скорее всего, потомок немецкого шахтёра или крестьянина из поволжских колоний, чья фамилия была адаптирована русским языком. Это не дворянская и не крестьянская фамилия в привычном смысле — она относится к поздним, «инородческим» пластам русского ономастикона.